Історія канону НЗ також доволі складна, незважаючи на те, що – порівняно зі СЗ – охоплює писання, що виникли протягом менш як одного століття.
а) Спогади Ісуса і спогади апостолів
Ісус визнає Писання Ізраїлю і в певний спосіб освячує їх, щоб вони знайшли своє сповнення в Його особі і ділі; Він як Месія-Син Божий є Об’явитель, Той, Хто розпочинає нове передання. Ісусове «а Я кажу вам», у протиставленні до Тори (Мт. 5:21 н). вживається як наказ в оздоровленнях (Мр. 2:11; 9:25), у наказах, з якими посилає Своїх учнів на місію (Мт. 10:16), поєднане зі свідомістю, що Він промовляє з авторитетом (Мр 1:27), приготовляє і підтримує Іванове «Я є» (Ів 8:24,28,58; 13:19), становить найвищий вияв самооб’явлення Ісуса, Христа, Сина Божого. Усе це становить «канонічність-нормативність» слів і діл Ісуса у свідомості апостолів і в їх проповіді про Ісуса, а відтак і в їхніх спогадах про Ісуса, які віднайдуть остаточну форму у Євангеліях.
Однак апостоли знають теж, що отримали від Ісуса місію, наділену авторитетом, свідчити про Його об’явлення, зберігаючи його, пояснюючи, застосовуючи до нових обставин, завжди просвітлені Духом воскреслого і живого Ісуса. Отож сам Павло може писати до християн у Коринті: «В мені промовляє Христос, Який не безсилий до вас, але сильний у вас» (2Кор. 13:3), а про солунян ствердити, що «прийняли ви не як слово людське, але як правдиво то є Слово Боже, що й діє в вас, віруючих» (1Сол. 2:13).
У цей спосіб із канонічністю-нормативністю діла і слова «Ісуса», що міститься в авторитетній проповіді апостолів, потрібно пов’язати канонічність-нормативність усного і писаного слова апостольської Церкви. Є фактом, що автор послання (2Пет. 3:16) – який пише приблизно в 100 р. по Хр. свідчить про існування Павлівського корпусу (не знаємо, однак, чи в тому вигляді, що й сьогодні), що займав той самий рівень «інших Писань»; а у второпавлівському листі (1Тим. 5:18) цитовано як «Писання» («каже Писання») із Второзаконня (Втор. 25:4) й один вислів Ісуса, який можемо прочитати в Луки (Лк. 10:7).
б) Формування канону НЗ
Два фактори в II по Хр. посприяли чіткішому окресленню канону НЗ, а саме єресі Маркіона і гностиків.
Єретик Маркіон не тільки цілком відкинув СЗ, але заперечив теж частину теперішнього НЗ. Прихильник радикального павлівства, що стосується дару спасіння через віру в Ісуса Христа, він уклав маленький канон автентичної (для нього) християнської доктрини, що складався лише з 10 послань Павла (виключив Послання до Євреїв, 1 і 2 до Тимофія і до Тита) й одного варіянту Євангелія від Луки, очищеного від усіх натяків на Бога Мойсея. Гностицизм ІІ ст. зайняв цілком протилежну позицію, посилаючись на окремі об’явлення, отримані в таємних зустрічах з воскреслим Христом, продукуючи нові євангелія і послання, про які стверджували, що походили від Господа й апостолів.
Скорочення, яке здійснив Маркіон (прибл. 160 р. по Хр.), може бути знаком, що в його часи вже можна було говорити про досить широкий канон; він його тільки покалічив, як закинув йому св. Іриней (див. Adv. Наеr. III. 12, 12). Тертуліян, після того як ствердив, що Завіти (він їх називає Instrumenta) є два, стверджує, що НЗ складається з «Євангелія», тобто чотирьох Євангелій, і «Апостола», тобто 13 послань Павла, Послання до Євреїв? Першого послання Івана і Дій апостолів. А Серапіон, єпископ Антіохії, прибл. у 190 р. говорить про «апокрифне Євангеліє Петра» в наступний спосіб: «Ми, брити, приймаємо Петра й інших апостолів як самого Христа, але теж маємо відвагу відкинути писання, які фальшиво несуть їхні імена, знаючи, що ми не отримали їх такими від наших отців (Євсевій, Hist. Eccl. VI, 13, 3).
В історії формування християнського канону в II ст. дуже важливим документом є Мураторіянський фрагмент. Його вважають відображенням переконань Римської Церкви близько 200 р. по Хр. Фрагмент стверджує нормативний характер лише чотирьох Євангелій, Дій апостолів, 13 послань Павла, інших 3-х соборних послань (Юда, 1-2 Ів.) й Об’явлення Івана; крім того, говориться те про «Одкровення Петра», яке все ж таки вважається «непридатним для читання в Церкві». Даний фрагмент зовсім не говорить про інші послання (Євр. 1-2 Пет, Як і 3 Ів.), і, що досить дивно, приймає як християнську книгу Мудрости Соломона (яка належить до канону СЗ); виключає з канону два послання, які зазнали впливу маркіонських ідей (до мешканців Лаодікея й Олександрії) і деякі неназвані твори гностичних учителів; врешті, рекомендує лише приватне читання Пастиря Єрми.
Одне століття пізніше, приблизно в 310 р. по Хр., Євсевій Кесарійський пише, що ще існували неузгодження в списках книг НЗ щодо використання в різних Церквах (див. Hist. Eccl. III, 25, 1-14). Не входили до складу офіційно визнаних всіма як канонічні (omologoumenoi) такі послання апостолів: Якова, 2 Петра, Юди, 2 і 3 Івана. Це дискусійні книги (antilegomenoi); дискутувалося теж ще про Об’явлення Івана, і сам Євсевій не впевнений, чи розміщувати його серед omologoumenoi, чи серед notha, тобто нечистих, чи апокрифних.
Найдавніший канон НЗ, що без жодного сумніву охоплює теж і второканонічні книги, знаходимо у Святковому посланні св. Атанасія 367 p.; той самий канон міститься і в західних канонах з Гіппони (393), Картагени (397) і папи Інокентія І (405). Йдеться про 27 книг, затверджених Флорентійським Собором і остаточно прийнятим Тридентським.
Лютер, хоча не виключав з канону НЗ второканонічні книги, все-таки ввів певне розрізнення між Посланнями до Євреїв, апостолів Якова, Юди й Об’явленням, поміщаючи ці книги в кінці свого німецького видання, після інших, які він окреслив як «правдиві, певні і найважливіші книги НЗ». Тридентський собор стверджував певність усіх книг НЗ, з усіма їхніми частинами, «як їх читається в католицькій Церкві і як вони містяться в давньому виданні латинської Вульгати». Додаток «з усіма їхніми частинами» мав на меті забезпечити канонічність коротким уривкам, як довше закінчення Євангелія від Марка (Мр. 16:9-20). кривавий піт (Лк. 22:43-44) і епізод із жінкою, пійманою на перелюбі (Ів. 7:53-8:11), яких по сьогоднішній день або немає в протестантських виданнях, або їх беруть у дужки. Щодо інших частин лютерани в XVII ст. повернулися до традиційного канону НЗ, відповідно до інших реформованих Церков, які прийняли повний канон НЗ у його традиційному порядку.