Ослаблення Асирії робить можливим період національного відновлення Юдеї. Вже за останніх років Ассурбаніпала, асирійське панування дещо ослабло, сприяючи таким чином повстанням народів-васалів. Коли вмирає асирійський цар, Вавилон, під проводом Набополасара, піднімає бунт і отримує незалежність (626-605 рр. до Хр.). Відтак укладає союз з Сіяссаром, царем Мідіян і в 612 р. до Хр. завойовує Нінівію. Так Вавилон стає новою потугою. Асирія зникає остаточно в 606 р. до Хр.. Окрім біблійних текстів, джерела, за допомогою яких можна відтворити історію цієї доби, становлять так звані вавилонські хроніки, з яких маємо лише частини, що стосуються до 626-623 і 616-594 рр. до Хр.. Ці тексти повідомляють про занепад асирійської імперії та про конфлікти між Асирією, Вавилоном і Єгиптом. З них можна теж здобути більш точне визначення дати першого вавилонського завоювання Єрусалиму: 597 р. до Хр.
За біблійними джерелами, цар Йосія, скориставшись збігом обставин, відвоював велику частину північних територій – Єфраїмські гори, долину Ізреел, Єрихон, філістейські території і навіть Галілею, – майже вповні відновлюючи царство Давида-Соломона. Деякі історики сумніваються в тому, що Йосія справді здійснив ці відвоювання. Дуже ймовірно, що він мав якусь форму політичного контролю над згаданими територіями, що згодом, під впливом відродження царської ідеології, перетворилося в завоювання. Йосія є ймовірно тим визволителем, про якого пише Біблія (Іс. 9:1-6а; 11:1-5; Мих. 5:1-5). Редакцію цих текстів напевно було зроблено в часі піднесення від новоздобутої незалежности.
Біблійні джерела найбільше наголошують на релігійній реформі Йосії, завдяки якій він здобув собі славу вірного і побожного царя. Біблійна розповідь поєднує дві події: відкриття книги закону і ряд розпоряджень стосовно реформ (2Цар. 22-23). «Книгу закону» ймовірно можна ототожнити з центральною частиною Второзаконня, у більш синтетичній, ніж сьогоднішня, редакції (Втор. 12-26). Але дискусії між екзегетами, що тривають вже більш як півтора століття, про історичність відкриття Второзаконня і його зв’язок з реформою Йосії не дозволяють історикові дійти до певних висновків. Можна лише сказати, що дух Второзаконня надихає як реформу Йосії, так і второномістичну історію часів цього царя.
Реформа Йосії означала неухильне повернення до ягвістичної релігії із забороною всіх ідольських культів, як в Єрусалимському храмі, так і в інших місцях. Зруйновано святилища і предмети поганських культів. Ворожіння і викликання померлих суворо заборонене. Свято Пасхи святкується на державному рівні. Однак найважливішим заходом є централізація культу в Єрусалимі з очевидним наслідком знищення усіх інших місцевих святинь. Можна також припустити, що релігійна єдність мала й іншу мету: сприяти політичній централізації під контролем дуже впливового клиру.
Але національне і релігійне відновлення дуже скоро зупиняється. Щоб протистояти фараонові Нехо II, який спішить на допомогу Асирії у війні проти Вавилону, цар Йосія зустрічається в битві з єгипетським військом у Меґіддо. Тут, за біблійним текстом, фараон «убив» Йосію (2Цар. 23:29). Лаконічність біблійного тексту свідчить про раптовість смерти побожного і вірного Богові царя. Після загибелі Йосії ситуація погіршується.
На його місце в 608 р. до Хр. приходить Єгоахаз, якого відразу замінив Ел’яким. Цей останній царює під іменем Єгоякима (Йоакима) (608-597 рр. до Хр.). Фараон вже після кількох місяців усунув Єгоахаза, а на його місце поставив Ел’якима. Цей факт досить багато говорить про підпорядкування Юдеї Єгиптові. Єгипетське васальство триває до 605 р. до Хр., коли Навуходоносор II перемагає єгиптян у битві в Каркеміші і змушує їх покинути Сирію і Палестину.
Єгояким залишається вірним васалом Вавилону аж до 601-600 рр. до Хр., коли Нехо II знову завойовує Юдею і доходить аж до Гази (АНЕТ 563). Юдейський цар відразу стає на бік фараона, незважаючи на протистояння пророка Єремії. Реакція Вавилону не забарилася: 598 р. до Хр. відбулася облога Єрусалиму. Єгояким вмирає під час облоги, а на його місце приходить син Єгояхін (597 р. до Хр.). Згідно з Вавилонською хронікою, новий цар відразу підкоряється вавилонцям. Але вавилонський документ не згадує про царя Єгояхіна, про якого йдеться в Біблії (2Цар. 24:8-17: 2Хр. 36:9-10).
Навуходоносор усуває нового царя і висилає у Вавилон разом із 1000 найвизначніших осіб зі знаті та військових. Один біблійний фрагмент (2Цар. 24:14) говорить про 10000 депортованих, інший натомість – про 8000 (2Цар. 24:16). Єремія подає число 3023. Це переселення 597 року до Хр. Уважається, що серед депортованих був і пророк Єзекіїль, який провадив свою пророчу місію у Вавилоні, про що йдеться в книзі пророка. Проте здається, що частина пророцтв Єзекіїля була проголошена в Юдеї. Як і його сучасник Єремія, Єзекіїль теж пропагує підкорення Вавилонові.
Після завоювання Єрусалиму і заслання правителя Навуходоносор призначає царя. Ним став один із дядьків Єгояхіна, Седекія (597-586 рр. до Хр.). Це слабка людина, безпорадна між філоєгипетською і філовавилонською фракціями. Під впливом кола політиків, що його оточують, Седекія то слухає заклики до обережности Єремії, то прихильників єгипетської партії. В 594-593 рр. до Хр., хоч пророк Єремія і відраджував його, цар запрошує до Єрусалиму представників Едому, Моаву, Амону, Тиру й Сидону, щоб зорганізувати антивавилонську коаліцію за підтримкою фараона Псамитоха II (594-589 рр. до Хр.). Це дуже небезпечна гра, яка не гарантує жодного позитивного наслідку. Для того, щоб запевнити вавилонян у лояльності, він посилає до них посольство (Єр. 29:3; 51:59). У 589-588 рр. до Хр., за фараона Гофра, Седекія піддається натискам проєгипетської партії і бунтується проти Вавилону.
Реакція Навуходоносора швидка і руйнівна (2Цар. 25; Єр. 42; 2Хр. 36:14-21; Єр. 39:1-14). Вавилонське військо облягає Єрусалим. Єгипетська допомога є дуже слабкою, отож військо фараона Гофра зазнало поразки. Оточені мешканці Єрусалиму відважно борються. У червні 586 р. до Хр. Седекія намагається втекти. Його спіймали, ув’язнили і привели до Навуходоносора, який вбиває його дітей у нього на очах, осліплює його і відтак висилає у Вавилон (2Цар. 25:3-7). У серпні 586 р. до Хр. Єрусалим зруйновано. Мури знищено, а храм підпалено. Святі знаряддя і предмети взяті в здобич. Знову 832 особи депортовано. Край поділено. Західна частина долучена до вавилонської провінції Ашдод, а південна, від Хеврону і далі, – до Едому. За Єрусалимом залишається незначна територія, піддана юдейському губернатору Ґедалії, резиденція якого знаходиться в Міцні. Вавилоняни утворюють новий клас земельних власників, що отримують землі від завойовника, щодо якого вони через це зберігають цілковиту вірність.
Для царства Юди це катастрофа як із політичної й економічної, так соціяльної і релігійної точок зору. Ґедалія проголошує амністію для юдейських солдатів і намагається навести якийсь лад у країні, щоб зберегти те, що ще можна зберегти. Це повернення до нестійкого миру перерване вже по трьох місяцях вбивством Ґедалії, спричинене, здається, царем амоніїв. Боячись репресій з боку вавилонян, великі групи юдеїв втікають в Єгипет, забираючи із собою пророка Єремію, пов’язаного з Ґедалією. Ця міграція, спершу не дуже славна, стане початком численних юдейських колоній передусім у дельті ріки Ніл.
Не відомо, до яких заходів вдалися вавилоняни після смерти Годолії. Археологічні дані свідчать, що країна спустошена й убога. Завойовник пригноблює убогих селян, що залишилися, накидаючи високі податки і не охороняючи їх перед вбивцями і розбійниками. Так закінчується історія Юдейського царства. Проте це не є кінцем народу, що вірує в Ягве. Віра в Господа переживе катастрофу і так звана «девтерономістична школа», разом з пророками Єремією, Єзекіїлєм і другим Ісаєю, підтримає дух народу.